Ничего не досталось братьям великого князя и после завоевания Новгородской земли. Подобная политика, воспринимаемая как нарушение существующих в великокняжеской семье договоров, на самом деле отражала стремление Ивана III к расширению своих владений. Поднявшие же мятеж братья исходили из традиционных представлений, согласно которым они становились совладельцами присоединенных или унаследованных территорий.

Андрей с Борисом со своими удельными полками подались в Великие Луки. Это давало им возможность при необходимости искать помощи даже у Казимира. В разгар конфликта пришло известие о выступлении хана Ахмета.

Разрешение внутриполитического кризиса стало для Ивана III первоочередной задачей. Московский князь не допустил дальнейшего углубления конфликта. Он пошел на уступки, одновременно опираясь при переговорах на посредничество и авторитет церкви. С этой целью к мятежникам был отправлен ростовский архиепископ, духовник великого князя Вассиан Рыло, объявивший о готовности Ивана III уступить братьям Алексин и Калугу.