В истории церкви при Екатерине II произошло два знаменательных события: секуляризация владений духовенства и связанное с нею дело Арсения Мацеевича, а также провозглашение веротерпимости, прекращение политики насильственной христианизации и преследования инаковерующих. Выше отмечалось обещание Екатерины, данное при вступлении на престол, не покушаться на владения церкви. Это был тактический шаг императрицы, рассчитанный на умиротворение духовенства, если не явно, то скрытно враждебно воспринявшего манифест Петра III о секуляризации, и противореч ивший убеждениям ученицы Вольтера. Как только Екатерина почувствовала неспособность духовенства серьезно сопротивляться секуляризационным планам, она создала комиссию из светских и духовных лиц, которой было поручено решить вопрос о судьбах церковного землевладения.

Императрица даже заготовила эмоционально насыщенную обличительную речь перед членами Синода, заканчивавшуюся словами: «Не умедлите же возвратить моей короне то, что вы похитили у нее незаметно, постепенно». Надобность в патетической речи отпала, синодалы проявили покорность и послушание. Единственным иерархом, осмелившимся открыто поднять голос против секуляризации, был ростовский митрополит Арсений Мацеевич. Мацеевич принадлежал к числу подвижников типа патриарха Никона и протопопа Аввакума. Их сближали фанатизм, несгибаемая воля в борьбе за свои идеи и неумение соразмерять свои силы и возможности с силами противоборствующей стороны.

Более того, упорство Арсения выглядело более безрассудным и обреченным, чем, например, Никона: тогда светская власть лишь двигалась к абсолютизму, теперь абсолютная монархия утвердилась и окрепла; тогда существовало патриаршество, теперь церковными делами командовал послушный светской власти Синод, низведенный до обычного правительственного учреждения; тогда события приобрели значение трагедии и имели огромный резонанс не только внутри страны, но и за ее пределами, теперь они выглядели фарсом, по крайней мере им пыталась придать такой характер императрица, и оставили малозаметный след в истории. Непокорный нрав Арсений проявил еще при Елизавете Петровне, но тогда все ему сходило с рук:— императрица относилась к нему снисходительно и даже благосклонно. Не встречая поддержки Синода и Коллегии экономии, Арсений решил уйти на покой, но Елизавета отказала ему в просьбе.