С утверждением татаро-монгольского ига русская церковь была включена золотоордынскими ханами в созданную ими систему управления. С 60-х годов XIII в. установилась практика выдачи митрополитам отдельных ханских грамот. Православному духовенству, призванному отныне молиться за «неверного царя», были сохранены земли, оно освобождалось от уплаты дани. Многие монастыри и церковные иерархи получили от монгольских правителей тарханные грамоты, закреплявшие хозяйственные, административные и судебные преимущества и льготы. В итоге церковь обрела своеобразную судебно-административную автономию, создавшую ей особое положение в период собирания русских земель.

Было бы ошибочно связывать лояльность ордынских ханов с каким-то особым отношением к православной религии. В огромной Монгольской державе, где уживались различные религии, веротерпимость долгое время была нормой государственной политики — в противном случае это могло угрожать единству империи. Присутствовал здесь и прагматический расчет: принцип «разделяй и властвуй» находил свое выражение в объемах дарованных прав, противопоставлении митрополита как самостоятельной политической силы князьям. Веротерпимость ордынских правителей предполагала лояльное отношение церкви к власти завоевателей.

Это требование ставило духовенство в двойственное положение. Церковь должна была поддерживать верховную власть, проповедуя покаяние и смирение хану Золотой Орды. Вместе с тем церковь не могла оставаться в стороне от процесса формирования национального самосознания, единения земель и духовного сопротивления.