Церковная реформа принадлежит к важнейшим преобразованиям Петра I. Смерть патриарха Адриана в 1700 г. дала повод известному прибыльщику А. А. Курбатову обратиться к Петру, находившемуся в это время у стен Нарвы, с посланием, содержавшим два мудрых совета. Он рекомендовал царю «до времени обождать» с избранием нового патриарха, а также учредить «расправный приказ особливый для сбора податей в казну, чтобы они не погибли в прихотях владетелей». Руководителем нового приказа Курбатов рекомендовал назначить боярина И. А. Мусина-Пушкина. Царь внял обоим советам: вместо избираемого собором патриарха он назначил рязанского митрополита Стефана Яворского местоблюстителем патриаршего престола. Воспользовался Петр и советом назначить руководителем Монастырского приказа Мусина-Пушкина. Принятие царем советов прибыльщика станет понятным, если вспомним дело патриарха Никона, а также напомним о деятельности главных пастырей, занимавших патриаршество после его низложения.

Из четырех патриархов, возглавлявших православную церковь в 1667—1700 гг. только два последних оставили след в истории церкви. Как ни парадоксально выглядит оценка деятельности патриархов Иоакима (1674—1690) и Адриана (1690—1700), но оба они хотя и участвовали в низложении Никона, придерживались тех же взглядов, что и опальный патриарх.

Так, Иоаким настойчиво добивался ликвидации Монастырского приказа и передачи администрации, суда и финансов в руки духовенства и в конечном счете достиг своего — в 1677 г. Монастырский приказ был упразднен и мирские чиновники более не выполняли административных, финансовых и судебных функций в вотчинах духовных помещиков. В завещании, составленном Иоакимом в 1690 г., патриарх заклинал царя не знаться с «богомерзкими» иноверцами, с «латины, лютеры, каль-вины» и не прельщаться «непотребными» иноземными порядками. Бритье бороды он объявляет «елинским блудничеством, гнусным обычаем». За это велит наказывать отлучением от церкви. Патриарх Адриан не скрывал теократических взглядов и, подобно Никону, отдавал предпочтение духовной власти над светской: «Царство убо власть имать точию на земли...