На обратном пути Петр I встретился с польским королем и саксонским курфюрстом Августом И. Переговоры с последним положили основание Северному союзу против Швеции. К нему присоединилась и Дания. Заключение Северного союза означало коренной поворот во внешней политике России — на первый план была поставлена задача овладения побережьем Балтики. Стрелецкий бунт был подавлен до возвращения Петра в Москву. Рядовых его участников разослали по городам, а зачинщиков казнили. Следствие показало, что причиной восстания стрельцов было недовольство тяготами походной жизни, отрыв от торговли и промыслов, которыми они занимались, живя в столице.

Прибывший в Москву Петр подозревал, что действия стрельцов были инспирированы Софьей, находившейся в Новодевичьем монастыре. Новый розыск, предпринятый по распоряжению царя и сопровождавшийся страшными пытками возвращенных из ссылки в столицу стрельцов, не дал ответа — причастна ли Софья к бунту. Тем не менее около полутора тысяч стрельцов были казнены, несколько человек повешены у окна кельи царевны Софьи. После этих событий стрелецкое войско, не внушавшее доверия в военном и политическом отношении, начали расформировывать.

Стрельцов влили в состав полков нового строя. Правительство с 1699 г. переходит к новой системе комплектования вооруженных сил — набору рекрутов для постоянной строевой службы в регулярных полках, по одному человеку с определенного количества крестьянских и посадских дворов. Это был важный шаг к укреплению оборонной мощи страны. В плане экономической подготовки к предстоящей войне следует рассматривать также проведение в 1699—1700 гг.