Духовное образование стало по-настоящему развиваться при Екатерине II. В 1782 г. в разного рода духовных учебных заведениях училось 11 тыс. детей духовенства. В первой половине XIX в. система духовных учебных заведений существенно расширилась. В начале XIX в. насчитывалось духовных учебных заведений: 3 академии, 37 семинарий и 76 низших или «архиерейских» школ.

В них обучалось в общей сложности 29 тыс. человек. В 1854 г. было уже 4 академии, 48 семинарий и 159 низших духовных училищ, а количество обучавшихся в них составляло 61 тыс. человек. В 1808—1814 гг.

при активном участии М. М. Сперанского была проведена реформа системы духовных учебных заведений. По аналогии с введенной в 1803 г. системой светского образования создавались 4 ступени и духовных учебных заведений с преемственностью учебных программ: церковно-приходская школа — уездное духовное училище — духовная семинария — духовная академия. Преподавание в духовных семинариях в связи с увеличением общеобразовательных дисциплин приближалось к гимназическому, а в духовных академиях — к университетскому. При Николае I система духовного образования подверглась существенным изменениям. По Положению 1838 г. о духовных учебных заведениях, в гимназиях резко сокращался объем преподавания общеобразовательных дисциплин, но увеличивался курс церковной истории; в академиях упразднялось преподавание философии.