С утверждением абсолютизма в России Русская православная церковь фактически оказалась в полном подчинении светской власти, которая управляла ею с помощью государственного аппарата. Первейшей обязанностью церкви являлось насаждение верноподданнических чувств в народе — святости подчинения царской власти, ее почитания. На приходских священников возлагалась обязанность совершать ежедневные поминовения о здравии царской семьи, с поименным перечислением всех ее членов, а также проводить специальные богослужения в дни рождения и тезоименитства царя. Все царские манифесты и указы обязательно оглашались с церковных амвонов по окончании богослужения, а прихожанам до их прочтения запрещался выход из церкви. За неисполнение этих предписаний священнику грозило лишение сана. В исполнении своих функций церковь опиралась на поддержку светской власти, ограждавшей законом честь и достоинство священнослужителей.

Так, по закону «О наказаниях» за открытое богохульство виновному грозила каторга сроком до 15 лет, за избиение священника — тюремное заключение до 8 лет, за переход из православия в «раскол» или «совращение» других в «раскол» — ссылка в Сибирь, за переход православного в нехристианскую конфессию — лишение всех прав состояния и ссылка в каторжные работы. За исполнением обязанности прихожан ежегодно бывать у исповеди и причастия следили не только священники, но и местная полиция, для чего в приходских церквах велись «вероисповедные» книги. Организационно-управленческая структура Русской православной церкви, сложившаяся после упразднения патриаршества, представляла собой довольно стройную иерархическую пирамиду. Во главе ее стоял Святейший Синод — высшее законосовещательное, административное и судебное учреждение по делам церкви.

Он состоял из 6—7 высших духовных иерархов — петербургского, московского и киевского митрополитов («первоприсутствующих» в Синоде) и трех-четырех епархиальных иерархов, поочередно вызываемых в Синод. Но все дела в Синоде практически вершил обер-прокурор, назначаемый царем из наиболее доверенных его лиц. Он имел канцелярию, в которой сосредоточивались все наиболее важные вопросы по делам церкви. При Синоде существовал ряд комитетов и комиссий, занимавшихся духовным образованием, монастырями, церковным имуществом, зарубежными миссиями, кадровыми вопросами. Издательской деятельностью занималась Синодальная типография: только она имела исключительное право на издание духовной литературы.