Человек, оказавшийся волею судьбы на московском престоле, не пользовался ни авторитетом, ни народной любовью. Отличительной чертой характера Шуйского было лицемерие, любимым способом борьбы — интрига и ложь. Новый царь не обладал ни государственным умом, ни опытом Годунова. Легитимность его избрания признали далеко не все. Не случайно сам Василий писал, что принял Мономахов венец по выбору «всяких людей Московского государства», а не «всех людей всех государств Российского царствия».

В этом определении — косвенное признание оппозиции, возникшей во многих регионах страны. Оппозиция вновь выступила на стороне Дмитрия, который, по слухам, остался жив и на этот раз. Шуйский срочно организовал церемонию перезахоронения мощей царевича, объявленного святым. В Углич за гробом отправился ростовский митрополит Филарет — Ф. Н. Романов, возвращенный из ссылки еще Лжедмитрием 1. Царь, по-видимому, сулил ему патриаршество, но по возвращении обманул. На патриарший престол был избран казанский митрополит Гермоген — человек фанатичный и твердый в вере.

Против Шуйского выступило население порубежных уездов, опальные сторонники Лжедмитрия — воеводы Путивля князь Г. Шаховской и Чернигова князь А. Телятевский. Оппозиционные настроения охватили дворянские корпорации, среди которых выделялась рязанская, возглавляемая энергичным кланом Ляпуновых и Сумбу-ловым. Летом 1606 г. движение приобрело организованный характер.