Строительство детинца и основная сухопутная связь Вологды - дорога на Москву - предопределили направление дальнейшего развития города. Бурный рост Вологды продолжался до начала XVIII века. Основание Петербурга, открытие связей с Западом через Балтийское море и указ Петра I об ограничении торговли через Архангельский порт подорвали ее экономику: с 1719 года она становится провинциальным городом Архангельской губернии. К этому времени кроме старого города, именующегося теперь Верхним посадом, и города (то есть территории детинца Ивана IV) вдоль Московской дороги и правого берега реки Вологды сформировался Нижний посад с большой торговой площадью, подворьями различных монастырей, жилищами иностранцев. А вдоль левого берега реки между ее излучинами и на север, почти до Дюдиковой пустыни, разместился Заречный посад-Архивные документы свидетельствуют о том, что к середине XVII века в основном уже сложилась композиция плана города, его пространственная организация и силуэт. Осью композиции была река с ансамблями церквей вдоль ее берегов.

Размещение архитектурных акцентов было подчинено строгим закономерностям, причем церкви, находящиеся на небольших расстояниях друг от друга, были видны с любой точки берега, с реки и моста группами, что создавало систему постоянно меняющихся при движении ансамблей. Церкви Верхнего и Нижнего посадов играли в композиции роль второстепенных элементов. Таким образом, важнейшая функциональная роль реки - главной торговой улицы города и часть одной из основных торговых магистралей Руси - была выявлена и подчеркнута всей композицией Вологды. К середине XVIII века почти все деревянные церкви были заменены каменными без изменения их местоположения, с сохранением прежних масштабных соотношений с высотой окружающей застройки и шириной реки. Это окончательно закрепило архитектурно-планировочную организацию города, складывавшуюся на протяжении веков.